В письме ФНС России от 17.05.2018№ БС-4-11/9423@ рассмотрена ситуация, когда договор гражданско-правового характера был изначально заключен головной организацией, а впоследствии им было создано обособленное подразделение, на которое возложили контрольные функции и ведение бухгалтерского учета и договор ГПХ передали обособленному подразделению для исполнения функций налогового агента.
По мнению ФНС России, в течение срока действия договора гражданско-правового характера, который изначально был заключен головной организацией, не предусмотрена Кодексом передача организацией функций налогового агента по перечислению НДФЛ своему обособленному подразделению, которому было передано фактическое исполнение контрольных функций и ведение бухгалтерского учета по договору без внесения соответствующих изменений в договор либо заключения дополнительного соглашения с физическим лицом. Положениями Кодекса также не предусмотрена обязанность налогового агента по уведомлению налогового органа об изменении места исчисления и уплаты НДФЛ в связи с созданием обособленного подразделения и передачи ему данных функций.
То есть, иначе говоря, платить НДФЛ должен тот, с кем заключен договор гражданско-правового характера.